Базаров боготворит естественнонаучные знания. В запальчивости ему кажется, что с помощью естественных наук можно легко разрешить все вопросы, касающиеся сложных проблем общественной жизни, искусства, философии. Но Тургенев, знавший труды немецких естествоиспытателей, кумиров революционных шестидесятников, из первых рук, лично знакомый с Карлом Фогтом, обращает внимание не только на сильные, но и на слабые стороны вульгарного материализма Фогта, Вюхнера и Молешотта. Так, грубой ошибкой вульгарных материалистов было упрощенное представление о природе человеческого сознания, о сути психических процессов, которые сводились к элементарным, физиологическим. Обратим внимание, что и, с точки зрения Базарова, искусство - болезненное извращение, чепуха.

Романтической чепухой считает Базаров и духовную утонченность любовного чувства: "Нет, брат, все это распущенность и пустота... Это все романтизм, чепуха, гниль, художество" - говорит он Аркадию.

Рассказ о любви Павла Петровича к княгине Р. вводится в роман не как вставной эпизод. Он является в романе как предупреждение заносчивому Базарову. Базаров легко разделывается со всеми загадками бытия. Нет любви, а есть лишь физиологическое влечение, нет никакой красоты в природе, а есть лишь вечный круговорот химических процессов. Он завидует муравью, который в качестве насекомого имеет право "не признавать чувство сострадания, не то что наш брат, самоломанный". Но кроме правды физиологических законов, есть правда человеческой, одухотворенной природности. И человек должен считаться с тем, что природа на высших уровнях - "храм", а не только "мастерская". Да и склонность того же Николая Петровича к мечтательности - не гниль и не чепуха. Мечты - не простая забава, а естественная потребность человека, одно из проявлений творческой силы его Духа.

С тринадцатой главы в романе назревает поворот: непримиримые противоречия обнаружатся со всей остротой в характере главного героя. Конфликт произведения из внешнего (Базаров и Павел Петрович) переводится во внутренний план ("поединок роковой") в душе Базарова. Виновницей этих перемен оказывается Анна Сергеевна Одинцова. Любовь к Одинцовой - начало трагического возмездия заносчивому Базарову: она раскалывает его душу на две половины. Отныне в нем живут и действуют два человека. Один из них - убежденный противник романтических чувств, отрицатель духовной природы любви. Другой - страстно и одухотворённо любящий человек, столкнувшийся с подлинным таинством этого высокого чувства Дорогие его уму "естественнонаучные" убеждения превращаются в принцип, которому он, отрицатель всякого рода принципов, теперь служит, тайно ощущая, что служба эта слепа, что жизнь оказалась сложнее того, что знают о ней "физиологи".

Обычно истоки трагизма базаровской любви ищут в характере Одинцовой, изнеженной барыни, аристократки; не способной откликнуться на чувство Базарова, робеющей и пасующей перед ним. Но Одинцова хочет и не может полюбить Базарова не только потому, что она аристократка, но и потому, что этот демократ, полюбив, не хочет любви и бежит от нее.

Интересно, что в вопросе любви пути Базарова и Павла Петровича однажды пересекаются. Это связано с их отношением к Фенечке. Павла Петровича привлекает в Фенечке демократическая непосредственность: он задыхается в пустоте своего аристократического интеллектуализма. Но любовь его к Фенечке слишком заоблачна и бесплотна: "Так тебя холодом и обдает", - жалуется героиня Дуняше на его "страстные" взгляды. Базаров ищет в Фенечке жизненное подтверждение своему взгляду на любовь как на простое и ясное чувственное влечение. Но эта "простота" оказывается хуже воровства: она глубоко оскорбляет Фенечку, и нравственный укор, искренний и неподдельный, слышится из ее уст.

Уроки любви повели за собою тяжелые последствия в судьбе Базарова. Они привели к кризису его одностороннюю, вульгарно-материалистическую жизнь. Перед героем открылись две бездны: одна загадка его собственной души, которая оказалась глубже и бездоннее, чем он предполагал; другая - загадка мира, который его окружает.

Трагизм положения Базарова еще более усугубляется под кровом родительского дома. Мрачному, замкнутому, холодеющему герою противостоит рвущаяся к нему великая сила беззаветной родительской любви. Базаров хочет вырваться из этого мира любви и гармонии, стремиться убежать от самого себя, но это ему не удается.

Тургенев еще раз проводит Базарова по тому кругу, по которому он уже прошел в первой части романа: Марьино, Никольское, родительский дом. Но теперь мы не узнаем прежнего Базарова: затухают его споры, догорает несчастная любовь. Второй круг жизненных странствий героя сопровождают последние разрывы; с семейством Кирсановых, с Фенечкой, с Аркадием и Катей, с Одинцовой и, наконец, роковой для Базарова разрыв с мужиком. Дорого обходится Базарову подчеркнутое пренебрежение глубиной и серьезностью крестьянской жизни. Наигранное равнодушие, снисходительную иронию сменяет шутовство: "Ну, излагай мне свои воззрения на жизнь, братец: ведь в вас, говорят, вся сила и будущность России, от вас начнется новая эпоха в истории... " - обращается он к мужику. Герой и не подозревает, что в глазах мужика он является не только барином, но и чем-то вроде "шута горохового".

Неотвратимый удар судьбы читается в финальном эпизоде романа: есть что-то символическое в том, что смелый "анатом" и "физиолог" русской жизни губит себя при вскрытии трупа мужика. Медицина оказывается неспособной помочь Базарову в трагическую минуту, оставив Базарова наедине с самим собой. И тут приходят к герою на помощь силы, когда-то им отрицаемые, но хранимые на дне его души. Умирающий Базаров прост и человечен: отпала надобность скрывать свой "романтизм". Базаров умирает удивительно. Он думает не о себе, а о своих родителях, готовя их к ужасному концу. Почти по-пушкински прощается герой с возлюбленной, и говорит он языком поэта: "Дуньте на умирающую лампаду, и пусть она погаснет". Любовь к женщине, любовь сыновняя к отцу и матери сливаются в сознании умирающего Базарова с любовью к родине, к таинственной России, оставшейся отнюдь не до конца разгаданной тайной для Базарова.

Тургенев многое в русском нигилизме предугадал. Он показал, к каким последствиям может привести революционера сила гнева, презрения и разрушения, если она примет нигилистические формы.